在股指期货期现套利交易中，实际交易的现货股票组合与指数的股票组合也很少会完全一致。这时，就可能导致两者未来的走势或回报不一致，从而导致一定的误差。这种误差，通常称为模拟误差。模拟误差来自两方面。一方面，是因为组成指数的成分股太多，如S&P500指数是由500只股票所组成的。短时期内同时买进或卖出这么多的股票难度较大，并且准确模拟将使交易成本大大增加，通常，交易者会通过构造一个取样较小的股票投资组合来代替指数，这会产生模拟误差。另一方面，即使组成指数的成分股并不太多，如道琼斯工业指数仅由30只股票所组成，但由于指数大多以市值为比例构造，由于交易最小单位的限制，严格按比例复制很可能根本就难以实现。比如，如果按比例构建组合出现某些股票应买卖100股以下的结果，也就是股市交易规定的最小单位1手以下，就没办法实现。这也会产生模拟误差。此外，期货交易的杠杆机制和强行平仓制度极有可能使套利者面临被强行平仓的风险，从而影响套利效果。