企业把波士顿矩阵作为分析工具时，应该注意到它的局限性。
（1）在实践中，企业要确定各业务的市场增长率和相对市场占有率是比较困难的。
（2）波士顿矩阵过于简单。首先，它用市场增长率和企业相对占有率两个单一指标分别代表产业的吸引力和企业的竞争地位，不能全面反映这两方面的状况；其次，两个坐标各自的划分都只有两个，划分过粗。
（3）波士顿矩阵事实上暗含了一个假设：企业的市场份额与投资回报是成正比的。但在有些情况下这种假设可能是不成立或不全面的。一些市场占有率小的企业如果实施创新.差异化和市场细分等战略，仍能获得很高的利润。
（4）波士顿矩阵的另一个条件是，资金是企业的主要资源。但在许多企业内，要进行规划和均衡的重要资源不仅是现金，还有技术.时间和人员的创造力。
（5）波士顿矩阵在具体运用中有很多困难。